Selain Enterobacter Sakazakii, ada berbagai jenis bakteri yang bisa mencemari susu formula. Sebagian merupakan bakteri baik, sebagian lagi adalah bakteri patogen atau penyebab
penyakit misalnya Salmonella, Staphylococcus aureus, Streptococcus dan bahkan Mycobacterium penyebab tuberculosis (TBC).
Kontaminasi dalam pengolahan susu formula bisa terjadi sejak diambil dari ambing (puting) hewan yang mengalami infeksi, misalnya mastitis atau radang ambing.